星空平台(中国)官方网站

qPCR数据分析-星空体育官方网站
星空体育官方网站
qPCR数据分析
发布:2024-12-14 13:36:52 浏览:

  qPCR的数据分析根据应用的不同可以分成相对定量和绝对定量两种。例如,处理组细胞与对照组细胞相比,A基因的mRNA改变了多少倍,这就是相对定量;那如果说在一定数目的细胞中,A基因的mRNA有多少个拷贝,这就是我们说的绝对定量。通常在实验室中用的最多的就是相对定量的方法了。

  Log(起始浓度)与循环数呈线性关系,通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,即得到该扩增反应存在的线+En)

qPCR数据分析(图1)

  •一组标准样本 ——用来生成标准曲线。可以是含有目的基因的质粒、PCR产物、基因组DNA等。

  •重复反应孔 –——建议每个样本使用三个或更多重复反应,以确保区分并去除因加样失误导致的误差孔。

  首先设计一对引物从基因组DNA上扩增一段含有目的基因的片段,一般来说这个片段最好是比qPCR扩增的目的片段长100bp左右,然后将扩增的片段连接到载体上构建质粒载体,再转到大肠中进行克隆复制,经过质粒的提取及OD值定量或qubit定量(qubit定量从原理上来说要比OD值测定更准确,因此推荐qubit进行质粒浓度测定,推荐使用启衡星qubit试剂盒,性能优越,稳定),我们就可以将质粒梯度稀释得到一组标准品。

qPCR数据分析(图2)

  1μL双链DNA标准品物质的量(mol)=(稀释倍数×OD数×50×10-9)/(序列长度×649)

  1μL双链DNA标准品的数量(copies)=(稀释倍数×OD数×3×1016)/(序列长度×649)

  • 一到两个管家基因——用来校对不同样本之间目的基因的实际表达量(对于管家基因的选择我们上上期的内容-实验室设计中已经给大家分享,大家可以翻阅我们前期的内容进行查阅)

  • 重复反应孔——建议每个样本使用三个或更多重复反应,以确保区分并去除因加样失误导致的误差孔。

  • 实验结果显示——扩增曲线;标准曲线(有些分析方法不需要);融解曲线(探针法不需要)

  通过标准曲线对对照样品、待测样品的目的基因及管家基因进行绝对定量,然后根据计算公式求得相对值即为相对表达量。

qPCR数据分析(图3)

  标准品:质粒标准品设置5个浓度梯度,分别3个生物学重复;每个样品同样设置3个生物学重复,并设置阴性对照;

  结果分析,计算出待测样品1和2与对照组相比目的基因A的表达量是上升了,还是下降了?

  从定量结果可以看出,待测样品1和2相对于对照样品在目的基因A的表达量上有所下降。

  假定扩增效率为 100 %;假定标准曲线及每次扩增之际间的效率都保持一致;

  实验条件优化较为复杂。因此采用此方法进行计算分析,再我们不知道扩增效率的时候,我们得到的结果可能会与实际结果有很大偏差。但是它也可以通过做标准曲线,看扩增效率进行校正,因此在实际操作的时候,推荐大家做一下标准曲线,看实际的扩增效率然后进行结果的校正,确保更准确的结果。

  :如果我们知道目的基因和参照基因有相同的扩增效率,但扩增效率不等于2,那么2-△△Ct可以修正为:E-△△Ct,例如扩增效率为1.95,那么计算公式可修正为 1.95-△△Ct

  北京启衡星生物科技有限公司是一家立足于生命科学领域,集研发、生产、销售星空体育 星空体育平台于一体的生物技术公司。

  综合续航超1400km 奇瑞风云T11首台PT车下线 PLUS中型SUV 外观内饰均升级

  英特尔Arc B580BattlemageGPU开始零售 起价249美元瞬间断货

  三星推出搭载Lunar Lake的Galaxy Book 5 Pro 号称电池续航长达25小时

  【今日话题】硕士论文研究导师关系,被下载近10万次,选择研究生导师到底有多重要呢?怎么选?