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科学家开发出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩方法框架—小柯机器人—科学网
发布:2024-10-29 09:11:03 浏览:

  美国加州大学旧金山分校Chun Jimmie Ye研究小组,开发出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩方法框架。2024年10月24日,《细胞》杂志在线发表了这项成果。

  研究人员表示,单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的差异表达分析对于表征实验因素如何影响基因表达分布至关重要。然而,区分生物和技术来源的细胞间变异性以及评估细胞组之间定量比较的统计显著性仍然具有挑战性。

  研究人员推出了Memento,这是一个用于从scRNA-seq数据中进行均值表达、变异性和基因相关性的稳健且高效的差异分析工具,能够扩展到数百万个细胞和数千个样本。

  研究人员将Memento应用于70000个气管上皮细胞,以识别干扰素应答基因;160000个CRISPR-Cas9干扰的T细胞以重建基因调控网络;120万个外周血单核细胞(PBMC)以绘制细胞类型特异性定量性状位点(QTL);以及5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库以比较任意细胞组。

  在所有情况下,Memento识别出的均值表达显著性和可重复性差异均超过现有方法。它还识别了变异性和基因相关性的星空体育网站 星空体育首页差异,提示由扰动引起的不同转录调控机制。